空の軌跡FCのラストでエステルの前から去ったヨシュア。
カシウスからもヨシュアを追いかけるのはやめるよう言われたが、きっと家に戻ってるとロレントの自宅に戻るも誰もいない。
そこでやっとヨシュアがいなくなった事実を受け入れるエステル。
ロレントに戻る道中にエステルと知り合ったケビン神父は、エステルの様子がおかしいとカシウスに連絡をしていたため、駆けつけたカシウスにヨシュアを何が何でも探してみせる。そのために力をつけたいと相談。カシウスは決意の固いエステルの姿を見て、遊撃士協会の修行場で修行するように言う。カシウスも軍に戻らなくてはならなくなった。ちなみに元軍人です。
ヨシュアは、前作の一章で定期船行方不明事件の犯人のカプア空賊達（実はヨシュアと同じく、前作の黒幕に操られて事件を起こしただけだったんだけども）を脱獄させる代わりに自分に協力する約束をとりつけ教授を倒す為、秘密裏に行動を起こしていた。
遊撃士協会のギルドで今後の動向を仲間達と話し合うことになる。各地で異変が起こっている。結社（ウロボロス）が関係している可能性がある。
二手に分かれて、各地の遊撃士協会で仕事をしつつ、ウロボロスへつながる情報を得ることにするエステル一行。
各地の結社の実験を止めるエステル達。その中で、レン、レオンハルト、ヨシュアの過去のできごとを知ることになる。
全てのことを受け入れエステルはの元に戻ってきたヨシュア。
そして、輝く環(リベルアーク)が出現する。その影響でリベール中の動力が停止してしまいます。リベールの異変と呼ばれる自体になりました。
リベールを救う為、最後の戦いをギルド、軍、その他の勢力の支援を受けて立ち向かいます。
その後、ヨシュアの姉の墓参りに行く二人。
墓前にレオンハルトの剣を納め和気藹々とする二人。
共に歩んでいくことを誓います。
